Pada zaman berikutnya bagaimanapun, Mesir memasuki Zaman Peralihan kedua. Ini merupakan era kekacauan dan penjajahan asing yang berakhir selama dua abad, atau dari 1786 sehingga sekitar 1560 SM. Rekod semasa dari tempoh itu jarang dijumpai, bagaimanapun ia menunjukkan bahawa pergeseran dalaman merupakan akibat pemberontakan balas kaum bangsawan. Firaun kembali tidak berkuasa, dan kebanyakan kemajuan masyarakat Dinasti ke Duabelas musnah. Sekitar 1750 SM. Mesir dijajah oleh Hyksos, atau Pemerintah Tanah Asing, puak campuran yang berasal dari Asia barat. Keunggulan ketenteraan mereka biasanya dikatakan kerana mereka memiliki kuda dan pedati perang. Tetapi kemenangan mereka turut disumbangkan oleh fakta bahawa Mesir berpecah sesama sendiri. Pemerintahan mereka memberi kesan yang besar kepada sejarah Mesir. Tidak hanya mereka memperkenalkan perperangan kaedah baru kepada Mesir, tetapi ia juga memberikan penduduk Mesir matlamat yang sama dengan pemerintahan yang menindas, mendorong mereka melupakan pertelingkahan sesama mereka dan bergabung bagi mencapai matlamat yang sama, iaitu membebaskan diri daripada pemerintahan asing.